A metodologia da Akita Kids Academy é baseada na Teoria das Múltiplas Inteligências, de Howard Gardner.
Cada matéria é ministrada por professores formados, cada qual em sua área, para estimularmos os vários tipos de inteligência:
Inteligência Linguística: Sensibilidade aos sons, estrutura, significados e funções das palavras e da linguagem. Aulas pedagógicas.
Inteligência Lógico-matemática: Sensibilidade e capacidade de discernir padrões lógicos ou numéricos, capacidade de lidar com longas cadeias de raciocínio. Aulas pedagógicas.
Inteligência Espacial: Capacidade de perceber com exatidão o mundo visual e espacial; capacidade de realizar transformações nas próprias percepções iniciais.
Aula de artes e origami (dobraduras)
Inteligência Corporal-cinestésica: Capacidade de controlar os movimentos do próprio corpo e de manipular objetos habilmente.
Aula de educação física, expressão corporal, jogos cooperativos.
Inteligência Musical: Capacidade de produzir e apreciar ritmo, tom e timbre; apreciação das formas de expressividade musical.
Aula de música.
Inteligência Interpessoal: Capacidade de discernir e responder adequadamente aos estados de humor, temperamentos, motivações e desejos de outras pessoas.
Presentes em todas as aulas.
Inteligência Intrapessoal: Acesso à própria vida de sentimento e capacidade de discriminar as próprias emoções; conhecimento das forças e fraquezas pessoais.
Presentes em todas as aulas.
Inteligência Naturalista: Habilidade de reconhecer a natureza e seus componentes, compreendendo as relações com o meio ambiente, seus padrões e fenômenos.
Aula de horticultura, ikebana, jardinagem.